Rozpočtové organizácie rezortu
- Agentúra na podporu výskumu a vývoja
- Výskumná agentúra
- Slovenský historický ústav v Ríme
- Štátna školská inšpekcia
- Štátny inštitút odborného vzdelávania
- Zrušené rozpočtové organizácie rezortu
- Ústav informácií a prognóz školstva (zrušený ku dňu 1. 1. 2014 zlúčením s Centrom vedecko-technických informácií SR)
- Medzinárodné laserové centrum (zrušené ku dňu 31. 12. 2020 zlúčením s Centrom vedecko-technických informácií SR)
- Slovenská pedagogická knižnica (zrušená ku dňu 31. 10. 2021 a zlučená s Metodicko- pedagogickým centrom)
- Štátny pedagogický ústav (zrušený ku dňu 30.6.2022 a zlúčený s Metodicko-pedagogickým centrom)
- Národný ústav certifikovaných meraní vzdelávania (zrušený ku dňu 30.6.2022 a zlúčený s Metodicko-pedagogickým centrom)
- Metodicko-pedagogické centrum zmenilo právnu formu na príspevkovú organizáciu a ku dňu 1.7.2022 názov na Národný inštitút vzdelávania a mládeže.