Štrukturálne fondy EÚ
V programovom období 2014-2020 Ministerstvo školstva, vedy, výskumu a športu Slovenskej republiky plní úlohy sprostredkovateľského orgánu pre prioritnú os 1 Vzdelávanie a prioritnú os 8 REACT-EU operačného programu Ľudské zdroje a úlohu platobnej jednotky. Riadiacim orgánom pre operačný program Ľudské zdroje je Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR. Prioritná os Vzdelávanie operačného programu Ľudské zdroje je spolufinancovaná z Európskeho sociálneho fondu.
V programovom období 2014-2020 zároveň plnilo Ministerstvo školstva, vedy, výskumu a športu Slovenskej republiky úlohy riadiaceho orgánu pre operačný program Výskum a inovácie a úlohu platobnej jednotky. Sprostredkovateľskými orgánmi pre operačný program Výskum a inovácie boli Ministerstvo hospodárstva SR a Výskumná agentúra.
Európska komisia rozhodla s účinnosťou od 13. 12. 2019 o schválení zlúčenia operačného programu Integrovaná infraštruktúra s operačným programom Výskum a inovácie v rámci programového obdobia 2014 – 2020.
Po zlúčení plní Ministerstvo školstva, vedy, výskumu a športu Slovenskej republiky úlohu sprostredovateľského orgánu. V operačnom programe Integrovaná infraštruktúra pokrývajú oblasti výskumu, vývoja a inovácií prioritné osi 9 – 12. Pre oblasť výskumu vývoja a inovácií je kľúčovým implementačným nástrojom stratégie "Poznatkami k prosperite – Stratégia výskumu a inovácií pre inteligentnú špecializáciu Slovenskej republiky" ("RIS3 SK"). Sprostredkovateľskými orgánmi pre túto oblasť sú Ministerstvo školstva, vedy, výskumu a športu SR a Ministerstvo hospodárstva SR. Operačný program Integrovaná infraštruktúra je spolufinancovaný z Európskeho fondu regionálnehohrozvoja.
V programovom období 2007-2013 plnilo Ministerstvo školstva, vedy, výskumu a športu Slovenskej republiky úlohy riadiaceho orgánu pre operačný program Vzdelávanie a úlohu platobnej jednotky. Sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom pre operačný program Vzdelávanie boli Agentúra Ministerstva školstva, vedy, výskumu a športu SR pre štrukturálne fondy EÚ a Ministerstvo zdravotníctva SR. Operačný program Vzdelávanie bol spolufinancovaný z Európskeho sociálneho fondu.
V programovom období 2007-2013 plnilo Ministerstvo školstva, vedy, výskumu a športu Slovenskej republiky aj úlohy riadiaceho orgánu pre operačný program Výskum a vývoj a úlohu platobnej jednotky. Sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom pre operačný program Výskum a vývoj bola Agentúra Ministerstva školstva, vedy, výskumu a športu SR pre štrukturálne fondy EÚ. Operačný program Výskum a vývoj bol spolufinancovaný z Európskeho fondu regionálneho rozvoja.
V programovom období 2004-2006 plnilo Ministerstvo školstva SR úlohy sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje (ďalej len „SOP ĽZ") a Jednotný programový dokument NUTS II - Bratislava Cieľ 3 (ďalej len JPD BA Cieľ 3) a úlohu platobnej jednotky. Riadiacim orgánom pre SOP ĽZ a JPD BA Cieľ 3 v programovom období 2004-2006 bolo Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny Slovenskej republiky. SOP ĽZ a JPD BA Cieľ 3 boli spolufinancované z Európskeho sociálneho fondu.