Programové obdobie 2014 – 2020
V programovom období 2014-2020 Ministerstvo školstva, vedy, výskumu a športu Slovenskej republiky plní úlohy sprostredkovateľského orgánu pre prioritnú os 1 Vzdelávanie a prioritnú os 8 REACT-EU operačného programu Ľudské zdroje a úlohu platobnej jednotky. Riadiacim orgánom pre operačný program Ľudské zdroje je Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR. Prioritná os Vzdelávanie operačného programu Ľudské zdroje je spolufinancovaná z Európskeho sociálneho fondu.
V programovom období 2014-2020 zároveň plnilo Ministerstvo školstva, vedy, výskumu a športu Slovenskej republiky úlohy riadiaceho orgánu pre operačný program Výskum a inovácie a úlohu platobnej jednotky. Sprostredkovateľskými orgánmi pre operačný program Výskum a inovácie boli Ministerstvo hospodárstva SR a Výskumná agentúra.
Európska komisia rozhodla s účinnosťou od 13. 12. 2019 o schválení zlúčenia operačného programu Integrovaná infraštruktúra s operačným programom Výskum a inovácie v rámci programového obdobia 2014 – 2020.
Po zlúčení plní Ministerstvo školstva, vedy, výskumu a športu Slovenskej republiky úlohu sprostredovateľského orgánu. V operačnom programe Integrovaná infraštruktúra pokrývajú oblasti výskumu, vývoja a inovácií prioritné osi 9 – 12. Pre oblasť výskumu vývoja a inovácií je kľúčovým implementačným nástrojom stratégie "Poznatkami k prosperite – Stratégia výskumu a inovácií pre inteligentnú špecializáciu Slovenskej republiky" ("RIS3 SK"). Sprostredkovateľskými orgánmi pre túto oblasť sú Ministerstvo školstva, vedy, výskumu a športu SR a Ministerstvo hospodárstva SR. Operačný program Integrovaná infraštruktúra je spolufinancovaný z Európskeho fondu regionálneho rozvoja.