Pokiaľ ide o majetok štátu, kým nedošlo k úplnej transformácii so splnením všetkých zákonných podmienok, nemohlo dôjsť ani k prechodu majetku štátu do vlastníctva organizácií akadémie. Preto prijatie novely ani nemôže spôsobiť "skryté zoštátnenie", ako sa uvádza v liste SAV poslancom NR SR.
     Slovenská akadémia vied (SAV) predložila zakladacie listiny, avšak zápis do registra nebol vykonaný, preto sa organizácie SAV v súčasnosti nachádzajú v právnom stave medzi založením a vznikom. V tejto súvislosti treba prihliadať na skutočnosť, že zákon o VVI a zákon o SAV sú vo vzťahu lex generalis a lex specialis. Podľa § 6 ods. 1. zákona o VVI v čase medzi založením a vznikom VVI za ňu koná jej zakladateľ. To znamená, že správu majetku štátu v tomto období za svoje organizácie vykonáva(la) akadémia ako zakladateľ, ktorá je sama rozpočtovou organizáciou, a teda oprávneným správcom majetku štátu.
     Pokiaľ ide o nemožnosť vložiť štátny majetok do nových (novozriadených) VVI, resp. k vyjadreniu, že prestanú platiť všetky pracovné zmluvy, je potrebné poukázať na § 21 ods. 13 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Ak sa organizácie akadémie vrátia do právnej formy rozpočtových/príspevkových organizácií, na to, aby vznikli nové VVI (namiesto nich), bude potrebné tieto rozpočtové/príspevkové organizácie zrušiť. Keďže rozpočtovú/príspevkovú organizáciu nie je možné zlúčiť ani splynúť s verejnou výskumnou inštitúciou, pôjde o zrušenie bez právneho nástupcu. Zrušovanie takýchto organizácií je štandardné v rámci racionalizácie jednotlivých rezortov, preto zákon upravuje aj plynulé fungovanie vzťahov v týchto prípadoch. Podľa poslednej vety uvedeného ustanovenia zákona č. 523/2004 Z. z. ak rozpočtová/príspevková organizácia zaniká zrušením bez právneho nástupcu, "práva a povinnosti prechádzajú dňom bezprostredne nasledujúcim po dni zrušenia na zriaďovateľa, ak osobitný zákon neustanoví inak". Toto ustanovenie pritom nerozlišuje, o aké práva a povinnosti ide, tj. ide o akékoľvek práva a povinnosti, ktoré v rozhodujúci deň zaväzujú príslušnú rozpočtovú/príspevkovú organizáciu. Z citovaného ustanovenia tak napríklad vyplýva, že do dňa zrušenia doterajšieho ústavu akadémie je zamestnávateľom tento ústav a od nasledujúceho dňa akadémia - pracovná zmluva ako taká nezaniká.
     Ak ministerstvo bude rešpektovať rozhodnutie generálnej prokuratúry a registračné konanie zastaví, ústavy SAV zostanú vo vákuu, kedy síce zmenili právnu formu na VVI, no žiadne práva ani majetok na nich neprešli, a teda plnohodnotne nevznikli. Túto situáciu je nevyhnutné riešiť, a práve novela ich vracia do východiskovej právnej formy, v rámci ktorej sa môžu vykonať zmeny na právnu formu VVI v súlade s platným zákonom o VVI.
     Opätovná zmena právnej formy organizácií akadémie, ich zrušenie a následný vznik nových organizácií v právnej forme VVI bude síce mať svoje administratívne následky, avšak nie v takom rozsahu, ako uvádza rozoslaný list. Zároveň je potrebné uviesť, že založenie a vznik organizácií akadémie ako nových VVI má prispieť k právnej istote do budúcna vo vzťahu k prevádzaným právam, povinnostiam aj majetku.