Ministerstvo podľa zákona o vysokých školách každoročne vypracúva, aktualizuje a zverejňuje dlhodobý zámer vo vzdelávacej, výskumnej, vývojovej, umeleckej a ďalšej tvorivej činnosti pre oblasť vysokých škôl („dlhodobý zámer ministerstva"). Dlhodobý zámer ministerstva sa vypracúva na päť až desať rokov. Dlhodobý zámer ministerstva prerokúva vláda SR. Dlhodobý zámer ministerstva sa využíva napríklad pri určovaní dotácie na rozvoj vysokej škole.
